Zmiana sposobu przekazywania faktur do centralnego systemu wymaga spojrzenia na cały proces ich wystawiania i odbierania. W praktyce faktura jest zwykle jedynie jednym z elementów większego obiegu, w którym uczestniczą dane kontrahenta, zamówienie, sprzedaż, magazyn, księgowość oraz archiwizacja dokumentów. Z tego powodu integracja KSeF może dotknąć kilku sekcji jednocześnie, nawet jeżeli już na początku planowane jest tylko automatyczne wysyłanie faktur.

W szczególności istotne jest zobowiązanie, z którego kodu mają pochodzić dane przekazywane do systemu a także gdzie ma być zapisywana informacja o wyniku operacji. Jeżeli faktury są wystawiane w więcej niż jednym miejscu, dochodzi dodatkowe zagadnienie związane z ujednoliceniem sposobu ich obsługi. W takim wypadku warto przedtem ustalić, czy wszystkie źródła danych działają według tych samych zasad. Różnice, które przy ręcznej pracy były wychwytywane przez pracowników, po częściowej automatyzacji mogą stać się źródłem powtarzających się błędów.

Jednym z mniej oczywistych elementów jest obsługa numeracji i identyfikacji dokumentów. Wewnętrzny numer faktury może być potrzebny do znalezienia dokumentu w programie księgowym, jednakże system zewnętrzny może posługiwać się innymi informacjami dotyczącymi danego dokumentu. W codziennej pracy ważne jest, ażeby użytkownik potrafił powiązać te dane bez dodatkowego przeszukiwania kilku aplikacji. Ma to znaczenie zwłaszcza wtedy, gdy powinno się sprawdzić konkretną fakturę po kilku tygodniach lub miesiącach. Integracja z KSeF powinna zatem uwzględniać nie tylko przekazanie treści dokumentu, ale także sposób zapisu informacji potrzebnych do jego późniejszego odnalezienia. Przy większej liczbie faktur ręczne porównywanie numerów i statusów może stać się osobnym zadaniem. Warto także pamiętać, że dokumenty nie za każdym razem przechodzą przez proces w bardzo podobny sposób. Korekta, ponowna próba przekazania czy ręczna zmiana danych może sprawić, że standardowy schemat przestaje wystarczać.

Osobnego sprawdzenia wymaga sposób działania systemów w przypadku błędów. W trakcie testów łatwo skupić się na poprawnym scenariuszu, czyli utworzeniu faktury, przekazaniu jej i zapisaniu odpowiedzi. W rzeczywistej pracy pojawiają się jednakże sytuacje, w których dane są niekompletne, użytkownik zmieni dokument w nieodpowiednim momencie albo komunikacja między systemami zostanie przerwana. Wówczas istotne staje się postanowienie, co dzieje się z dokumentem po wystąpieniu kłopotu. Nie powinien on zniknąć z procesu ani pozostawić użytkownika bez informacji o dalszym działaniu. Równocześnie automatyczne ponawianie każdej nieudanej operacji nie zawsze jest właściwym rozstrzygnięciem. O ile przyczyną jest błąd danych, kolejne próby nie zmienią wyniku. Z kolei przy krótkotrwałym problemie technicznym ponowienie może być obsługiwane według innego schematu. Takie rozróżnienie powinno się uwzględnić w trakcie ustalania zasad działania integracji, ponieważ wpływa ono wprost na późniejszy czasszą pracę osób zajmujących się fakturami.

Znaczenie ma również przygotowanie użytkowników do pracy z nowym obiegiem dokumentów. Dosłownie bardzo dobrze skonfigurowane systemy nie eliminują potrzeby podejmowania wyborów w nietuzinkowych przypadkach. Pracownik powinien wiedzieć, gdzie sprawdzić status faktury, jak rozpoznać dokument wymagający dodatkowej testom oraz co zrobić, gdy dane zapisane w jednym systemie nie odpowiadają wiadomościom w innym. Warto w dodatku ograniczyć liczbę miejsc, w których powinno się szukać tych samych informacji. O ile status dokumentu znajduje się w jednym programie, a komunikat o błędzie w drugim, obsługa może stać się bardziej skomplikowana, pomimo że sama wymiana danych działa prawidłowo. Integracja KSeF jest więc także kwestią organizacji pracy i ustalenia odpowiedzialności za poszczególne etapy. Dopiero prześledzenie rzeczywistych czynności wykonywanych przez użytkowników daje możliwość zauważyć, które elementy można połączyć, które powinny pozostać pod kontrolą człowieka oraz gdzie potrzebne są dodatkowe reguły dla dokumentów odbiegających od typowego schematu.

Zobacz także: KSeF API.